En los años 40 empieza a proveer servicios de atención en rehabilitación, orientando su trabajo hacia las personas con secuelas de poliomielitis. Durante esta década cambia su nombre a Hospital Pedro Aguirre Cerda. En el año 1955 se organiza como centro de rehabilitación infantil y pasa a formar parte del Sistema Nacional de Salud.

En la década de los 60 adquiere la categoría de centro de referencia nacional, expandiendo su atención a niños y jóvenes provenientes de todo el país, creándose la consulta externa, el servicio de alimentación y un gimnasio para Parálisis Cerebral.

En el año 1970 se suma el servicio de cirugía ortopédica y traumatología, creándose este mismo año el pabellón quirúrgico. Durante esa década se amplia la gama de patologías a atender, extendiéndose a menores con: secuelas de Mielomeningocele, secuelas de traumatismos encéfalo craneanos y artrogriposis, entre otras.

En el año 1998, se reconoce oficialmente la labor especializada de este hospital, transformándose en un establecimiento de mayor complejidad reconociéndolo como Instituto Nacional de Rehabilitación Pedro Aguirre Cerda (INRPAC). Esta nueva categorización le permite realizar otras actividades, sumándose a la atención clínica de Rehabilitación, las funciones de investigación clínica, docencia y extensión.

En forma paralela al desarrollo institucional, se inicia en 1996 las actividades de cooperación internacional con el gobierno de Japón, las cuales han permitido contar con la asesoría de expertos japoneses, capacitación de profesionales y técnicos del INRPAC en Japón y transferencia de equipamiento; proceso que se consolida el 14 de Julio del 2000, con la firma del convenio entre la agencia de cooperación del gobierno de Japón (JICA) y el Ministerio de salud de Chile, para ejecutar el “Proyecto de Rehabilitación para personas con discapacidad” cuyo inicio oficial se produce el 1 de Agosto del mismo año.